艦船には、旗艦と一般艦船の2種類が存在します。
旗艦は10種類存在し、それぞれ1隻しか所有することが出来ません。また、旗艦施設のレベルで保有できる合計数も上限があります。 種別は攻撃型、戦術型、防御型の3種類です。
一般艦船(以降、艦船)は、フリゲート、デストロイヤー、クルーザー、バトルシップの4種類が存在します。 それぞれに相性関係が存在します。
フリゲート << デストロイヤー << クルーザー << バトルシップ << フリゲート
艦隊編成は、旗艦1隻と一般艦船の組み合わせになります。 艦隊編成規模は、スペースドックのレベルをベースに、研究や英雄のスキル、旗艦スキル(ヘリオス)などで増加できます。 艦隊編成規模に影響があるのは一般艦船のみで、それぞれ下記の規模数値を艦船数に掛け算した合計値となります。 艦隊の戦闘力は、旗艦の戦闘力と各艦船の戦闘力の合計値です。